根據(jù)《財政部?商務部?稅務總局關于繼續(xù)執(zhí)行研發(fā)機構采購設備增值稅政策的公告》（2019年第91號，以下簡稱91號公告）規(guī)定，稅務總局配套制發(fā)了《研發(fā)機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法》（以下簡稱《辦法》）?，F(xiàn)解讀如下：
一、《辦法》出臺的背景
為鼓勵科學研究和技術開發(fā)，減輕研發(fā)機構研發(fā)成本，經(jīng)國務院批準，財政部會同商務部和稅務總局發(fā)布了91號公告，明確自2019年1月1日至2020年12月31日，繼續(xù)對研發(fā)機構（包括內資研發(fā)機構和外資研發(fā)中心）采購國產設備全額退還增值稅，并規(guī)定具體退稅管理辦法由稅務總局會同財政部制定。為落實91號公告，便于研發(fā)機構辦理采購國產設備退稅，經(jīng)商財政部，稅務總局出臺了《辦法》。
二、《辦法》的主要內容解讀
（一）研發(fā)機構和國產設備的具體范圍
辦理增值稅退稅的研發(fā)機構和國產設備的具體范圍，按照91號公告第一條、第二條和第四條的規(guī)定執(zhí)行。
（二）研發(fā)機構如何辦理采購國產設備退稅備案
適用采購國產設備退稅政策的研發(fā)機構，應于首次申報采購國產設備增值稅退稅時辦理退稅備案手續(xù)。辦理手續(xù)時需要的相關資料包括研發(fā)機構資質證明資料、《出口退（免）稅備案表》等。需要提醒的是，《出口退（免）稅備案表》內容填寫要真實、完整，其中，“企業(yè)類型”選擇“其他單位”，“出口退（免）稅管理類型”依據(jù)資質證明材料填寫“內資研發(fā)機構（簡寫：內資機構）”或“外資研發(fā)中心（簡寫：外資中心）”，其他欄次按填表說明填寫。
《辦法》下發(fā)前已辦理采購國產設備退稅備案的研發(fā)機構，無需再次辦理備案。
（三）研發(fā)機構如何辦理采購國產設備退稅備案的變更和撤回
1.如何辦理備案變更。已辦理備案的研發(fā)機構，《出口退（免）稅備案表》中內容發(fā)生變更的，須自變更之日起30日內，持相關資料向主管稅務機關辦理備案變更。
2.如何辦理撤回。研發(fā)機構發(fā)生解散、破產、撤銷以及其他依法應終止采購國產設備退稅事項的，應持相關資料向主管稅務機關辦理備案撤回。主管稅務機關應按規(guī)定結清退稅款后，辦理備案撤回。外資研發(fā)中心在退稅資格復審前，因自身條件發(fā)生變化，已不符合研發(fā)機構的條件，應自條件變化之日起30日內辦理退稅備案撤回。
（四）研發(fā)機構如何進行退稅申報
研發(fā)機構申報采購國產設備退稅時，需提交《購進自用貨物退稅申報表》、采購國產設備合同、增值稅專用發(fā)票或者增值稅普通發(fā)票等資料?？赊k理的退稅額，為增值稅發(fā)票上注明的稅額。
上述增值稅發(fā)票的具體要求：1.增值稅專用發(fā)票，在增值稅發(fā)票綜合服務平臺上線后，應當已通過增值稅發(fā)票綜合服務平臺確認用途為“用于出口退稅”；在增值稅發(fā)票綜合服務平臺上線前，應當已經(jīng)掃描認證通過，或者已通過增值稅發(fā)票選擇確認平臺勾選確認。2.增值稅普通發(fā)票，為開具時間為2019年1月1日至本公告發(fā)布之日前的增值稅普通發(fā)票[不含增值稅普通發(fā)票(卷票）]。
研發(fā)機構采購國產設備取得的增值稅專用發(fā)票，已用于進項稅額抵扣的，不得申報退稅；已用于退稅的，不得用于進項稅額抵扣。
（五）研發(fā)機構辦理退稅的申報期限
研發(fā)機構采購國產設備退稅的申報期限，為采購之日次月起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期?？紤]到新冠肺炎疫情影響，2019年采購國產設備退稅的申報期限，延長至2020年8月31日前的各增值稅納稅申報期。
如果研發(fā)機構未能在規(guī)定的期限內申報退稅，根據(jù)《財政部?稅務總局關于明確國有農用地出租等增值稅政策的公告》（2020年第2號）的規(guī)定，待研發(fā)機構收齊憑證及信息后，仍可繼續(xù)申報辦理退稅。
（六）稅務機關如何審核辦理退稅
如果研發(fā)機構屬于增值稅一般納稅人，稅務機關經(jīng)審核符合規(guī)定的，應按規(guī)定辦理退稅。如果研發(fā)機構不是增值稅一般納稅人，或者雖然是增值稅一般納稅人、但使用增值稅普通發(fā)票申報退稅的，稅務機關須確認發(fā)票真實、發(fā)票所列設備已申報納稅后，方能辦理退稅。
（七）已退稅的國產設備轉移或移作他用如何處理
已辦理增值稅退稅的國產設備，自增值稅發(fā)票開具之日起3年內，設備所有權轉移或移作他用的，研發(fā)機構須按照規(guī)定向主管稅務機關補繳已退稅款。補繳已退稅款按以下方法計算：
應補繳稅款＝增值稅發(fā)票上注明的稅額×（設備折余價值÷設備原值）
設備折余價值＝增值稅發(fā)票上注明的金額-累計已提折舊????
累計已提折舊按照企業(yè)所得稅法的有關規(guī)定計算。
（八）違法違規(guī)的處理
如果研發(fā)機構騙取采購國產設備增值稅退稅的，主管稅務機關應追回已退稅款，并依照稅收征管法的有關規(guī)定處理。如果研發(fā)機構涉及重大稅收違法失信案件被依法公布信息的，研發(fā)機構將停止享受采購國產設備退稅政策，并應及時辦理退稅備案撤回。
三、執(zhí)行期限
根據(jù)91號公告規(guī)定，《辦法》的施行期限為2019年1月1日至2020年12月31日，以增值稅發(fā)票的開具日期為準。
鏈接：國家稅務總局關于發(fā)布《研發(fā)機構采購國產設備增值稅退稅管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2020年第6號）
