在礦井建設期間，以低價工程煤抵頂工程款，主要涉及的相關稅收風險如下：

1.增值稅。企業(yè)應當把工程煤納入會計核算范圍，按同類煤炭的市場銷售價格確認增值稅應稅收入，按稅法規(guī)定正確計算繳納工程煤銷售相關的增值稅。

2.城市維護建設稅、教育費附加、地方教育費附加、印花稅。企業(yè)應當根據實際繳納的增值稅，正確計算繳納城市維護建設稅及其附加；如果簽訂的合同中標明了以低價工程煤抵頂工程款的金額，還應當按購銷合同貼花，如果企業(yè)適用印花稅核定征收，應當按稅法的規(guī)定正確計算并進行貼花。

3.資源稅。按抵頂工程款煤炭的數量，乘以適用單位稅款，計算繳納資源稅。

4.企業(yè)所得稅。工程煤應當以市場價格計算應稅收入，如果價格不公允，稅法機關可以根據《中華人民共和國稅收征收管理法實施細則》（以下簡稱《稅收征管法實施細則》）第四十七條規(guī)定，納稅人有《稅收征管法》第三十五條或者第三十七條所列情形之一的，稅務機關有權采用下列任何一種方法核定其應納稅額：

a.參照當地同類行業(yè)或者類似行業(yè)中經營規(guī)模和收入水平相近的納稅人的稅負水平核定；

b.按照營業(yè)收入或者成本加合理的費用和利潤的方法核定；

c.按照耗用的原材料、燃料、動力等推算或者測算核定；

d.按照其他合理方法核定。

采用前款所列的其中一種方法不足以正確核定應納稅額時，可以同時采用兩種以上的方法核定。

納稅人對稅務機關采取本條規(guī)定的方法核定的應納稅額有異議的，應當提供相關證據，經稅務機關認定后，調整應納稅額。

企業(yè)如果未能正確核算工程煤及進行相關的涉稅處理，未按時申報繳納相關的稅收，稅務機關可以按稅法的規(guī)定予以追征稅款并加收滯納金，還要按稅法的規(guī)定進行相應的處罰。